澎湖南方四島目前對外交通以海運為主，除西吉嶼無建設碼頭外，其餘東嶼坪嶼及東吉嶼設有漁港（第二類漁港），另西嶼坪嶼則設置有簡易突堤碼頭，主要提供離島或偏遠地區的作業漁船臨時停泊或避風使用。
澎湖南方四島目前僅提供海運方式抵達，您可以由以下幾個地點搭乘前往：
| 台南市將軍區（將軍漁港） |
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| 澎湖縣馬公市（南海遊客服務中心）： |
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- 澎湖南海遊客中心 (06)9264738
- 澎湖縣望安鄉公所 (06)9991311
- 澎湖南海交通船馬公售票處站 (06)9213822#102、103
島上交通
東吉嶼、東嶼坪嶼及西嶼坪嶼三島均已開闢道路，步行即可前往島上各主要地區。
船班資訊
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馬公-南方四島 澎湖縣望安鄉公所委託交通船代航航線-南方四島、花嶼航線
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台南將軍-東吉嶼 詠傑海運
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