陸域分區計畫內容（面積370.29公頃）
（一）特別景觀區（面積317.51公頃）
（1）頭巾特別景觀區
（2）鐵砧特別景觀區
（3）西嶼坪嶼特別景觀區
（4）二塭特別景觀區
（5）東嶼坪嶼特別景觀區
（6）香爐特別景觀區
（7）離塭仔特別景觀區
（8）鐘仔特別景觀區
（9）猪母礁特別景觀區
（10）西吉嶼特別景觀區
（11）柴垵塭特別景觀區
（12）鋤頭嶼特別景觀區
（13）東吉嶼特別景觀區。
（二）一般管制區（面積52.78公頃）
（1）現有西嶼坪嶼北岸地區
（2）現有西嶼坪嶼聚落區
（3）現有西嶼坪嶼碼頭區
（4）現有東嶼坪嶼聚落區
（5）現有西吉嶼聚落區（原國家風景區一般使用區範圍）
（6）現有西吉嶼南岸既有建築區
（7）現有東吉嶼聚落區（未劃入玄武岩自然保留區範圍）、玄武岩自然保留區（地號916-1、916-2、916、917）及碼頭區。
海域分區計畫內容（面積35,473.33公頃）
（一）海域生態保護區（面積70.94公頃）
鐵砧海域生態保護區：本海域生態保護區範圍以鐵砧向北向東0.5公里及西嶼坪嶼間海域。
（二）海域特別景觀區（面積16,600.03公頃）
本區澎湖縣政府規劃3處禁漁區，包括核心禁漁區、底刺網全年禁漁區及底刺網季節性禁漁區，範圍分述如下：
（1） 分別以距頭巾、鐘仔及東吉嶼1公里以內帶狀海域。
（2） 分別以距頭巾、鐘仔、豬母礁200公尺範圍內之海域。
（3） 分別以距西吉嶼、東吉嶼200公尺範圍內之海域。
（三）海域遊憩區（面積25.61公頃）
（1）西嶼坪嶼北岸海域
（2）東嶼坪嶼南岸海域
（3）東吉嶼東岸海域。
（四）海域一般管制區（面積18,776.75公頃）
（1）分別以距頭巾、鐘仔及東吉嶼2浬及1公里間帶狀海域，建構海域核心區之緩衝帶
（2）現有西嶼坪嶼簡易碼頭海域
（3）東嶼坪嶼西岸海域
（4）現有東嶼坪嶼碼頭海域
（5）現有東吉嶼碼頭區與防波堤周邊海域。
各分區面積可參閱”澎湖南方四島國家公園計畫－分區面積表”。
