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特色動物
鳥類部分，因四面環海，漁產資源豐富，澎湖許多的無人島嶼都有海鳥棲息分布，為臺灣重要野鳥棲地，更是東亞遷徙性候鳥的中繼站，亦為重要的保育類燕鷗繁殖地，尤其小型的遷徙性猛禽，因長距離飛行能力較差，澎湖南方四島的地理位置恰好能提供飛越海峽前絕佳的暫棲地，對其遷徙途中的存活有重要的影響。
以季節來說，澎湖南方四島以春、冬兩季候鳥數量最多，也是最佳賞鳥時機，夏季時則是燕鷗繁殖的主要季節，因此能觀察到多種燕鷗及其他鳥種，其代表性的鳥種有白眉燕鷗、鳳頭燕鷗等多種鳥類在此棲息，並有俗稱「半天鳥」的澎湖小雲雀、海岸常見的岩鷺以及近年列入保育鳥種的八哥等留鳥，另外也曾經發現過灰鶺鴒、藍磯鶇、灰頭紅尾伯勞、松雀鷹、高蹺鴴、翠鳥等，展現澎湖南方四島多樣的鳥類生態。
澎湖鳥類遷徙路徑
白眉燕鷗
小雲雀
高蹺鴴
除了鳥類外，兩棲爬蟲類種數較少，其中以蝎虎、無疣蝎虎及麗紋石龍子最常被發現，除了西吉嶼外，其餘島嶼皆有蝎虎與無疣蝎虎的分布，另外在東吉嶼山區則有蛇類雨傘節的出沒；兩棲類動物目前則有發現赤蛙科的澤蛙一種。
蝎虎
雨傘節
澤蛙
無脊椎動物則以昆蟲綱為主，蝶類部分，各島嶼皆以小灰蝶科的沖繩小灰蝶數量最多，其次為粉蝶科的黃紋粉蝶與水青粉蝶，而其他蝶類則為零星出現，推測和各個島嶼的植被單純有關。其他具代表性的昆蟲，如：蜻蛉目與直翅目也都有分布；而天蛾科的長喙天蛾有著長管狀口器，覓食時採定點飛行，因此常被誤認為是蜂鳥，晨昏之際最容易觀察到。
沖繩小灰蝶
島上其他的生物種類較為稀少，除了老鼠、蝙蝠以及羊等，最特別的便是短腕陸寄居蟹，牠們多棲息在海岸叢林、岩石或洞穴間，廢棄的東吉國小、碼頭及東吉派出所旁的欖仁樹下，夜間皆可觀察到，是相當特殊的生態景觀。
寄居蟹
