國家公園分區之意義，在於依據資源之特性予以區隔，以釐定必要的保護措施與發展方針，並確保國家公園內之重要自然資源及生物與棲地多樣性，得以永續經營與保存。
澎湖南方四島國家陸域面積 370.29 公頃，海域面積 35,473.33 公頃，計畫總面積 35,843.62 公頃，依據前述分區劃設原則，將計畫範圍內海域和陸域劃分成海域生態保護區、特別景觀區、海域特別景觀區、海域遊憩區、一般管制區與海域一般管制區等 6區，各分區計畫面積表：
| 名稱 | 面積(公頃) | 百分比(%) | 面積(公頃) | 百分比(%) | 備註 | ||
| 陸域 | 一般管制區 | 52.78 | 0.15% | 管(1) | 1.96 | 0.53% | 西嶼坪嶼北岸區 |
| 管(2) | 4.24 | 1.15% | 西嶼坪嶼現有聚落區 | ||||
| 管(3) | 1.10 | 0.30% | 西嶼坪嶼港區 | ||||
| 管(4) | 7.73 | 2.09% | 東嶼坪嶼現有聚落區 | ||||
| 管(5) | 3.04 | 0.82% | 西吉嶼現有聚落區 | ||||
| 管(6) | 0.41 | 0.11% | 西吉嶼南岸既有建築區 | ||||
| 管(7) | 8.12 | 2.19% | 東吉嶼現有聚落區 | ||||
| 特別景觀區 | 317.51 | 0.89% | 特(1) | 0.74 | 0.20% | 頭巾 | |
| 特(2) | 2.05 | 0.55% | 鐵砧 | ||||
| 特(3) | 27.47 | 7.42% | 西嶼坪嶼 | ||||
| 特(4) | 0.28 | 0.08% | 二塭 | ||||
| 特(5) | 40.19 | 10.85% | 東嶼坪嶼 | ||||
| 特(6) | 0.33 | 0.09% | 香爐 | ||||
| 特(7) | 0.25 | 0.07% | 離塭仔(南塭仔、蜈蚣仔) | ||||
| 特(8) | 0.40 | 0.11% | 鐘仔 | ||||
| 特(9) | 1.83 | 0.49% | 猪母礁 | ||||
| 特(10) | 86.33 | 23.31% | 西吉嶼 | ||||
| 特(11) | 0.11 | 0.03% | 柴垵塭 | ||||
| 特(12) | 14.71 | 3.97% | 鋤頭嶼 | ||||
| 特(13) | 169.00 | 45.64% | 東吉嶼 | ||||
| 陸域面積 | 370.29 | 1.03% | 370.29 | 100.00% | |||
| 海域 |
海域生態 保護區 |
70.94 | 0.20% | 海生 | 70.94 | 0.20% | 鐵砧嶼向北向東0.5公里及西嶼坪間海域範圍 |
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海域特別 景觀區 |
16,600.03 | 46.31% | 海特 | 11,933.62 | 33.64% | 距島1公里(底刺網季節禁漁區) | |
| 2,668.44 | 7.52% | 東西嶼坪嶼周邊海域(底刺網全年禁漁區) | |||||
| 1,997.97 | 5.63% | 東西吉嶼周邊海域(底刺網全年禁漁區) | |||||
| 海域 遊憩區 |
25.61 | 0.07% | 海遊(1) | 6.27 | 0.02% | 現有西嶼坪嶼北岸海域 | |
| 海遊(2) | 5.81 | 0.02% | 東嶼坪嶼南岸海域 | ||||
| 海遊(3) | 13.54 | 0.04% | 東吉嶼東岸海域 | ||||
|
海域一般 管制區 |
18,776.74 | 52.39% | 海管(1) | 18,750.80 | 52.86% | 距島2海里及距島1公里間海域 | |
| 海管(2) | 4.27 | 0.01% | 現有西嶼坪嶼碼頭區及防波堤周邊海域 | ||||
| 海管(3) | 5.38 | 0.02% | 現有東嶼坪嶼聚落區前海域 | ||||
| 海管(4) | 5.31 | 0.01% | 現有東嶼坪嶼碼頭區及防波堤周邊海域 | ||||
| 海管(5) | 10.99 | 0.03% | 東吉嶼現有碼頭區、防波堤周邊海域 | ||||
| 海域面積 | 35,473.33 | 98.97% | 35,473.33 | 100.00% | |||
| 陸域海域面積合計 | 35,843.62 | 100.00% | 35,843.62 | ||||
