依據國家公園法暨國家公園計畫既定之目標與分區管理策略精神研訂，期考慮自然及人文環境限制與發展條件，調整限制與管制措施；採取「核心區／保護－緩衝區／管制」之層級管理模式；依資源環境空間聚集特性為分區依據，生態保護區及特別景觀區為核心區域，一般管制區及遊憩區為緩衝區域，並參酌下列各項既有原則及管制規定，制定本保護利用管制原則：
- 國家公園法暨其施行細則。
- 行政院101年1月30日院臺建字第1010121882號函示依行政院經濟建設委員會研商會議，以積極進行保育，維護該地區之自然與人文資源，以期永續保存、共享，原則予以支持之結論辦理。
- 考量生態保育與資源永續利用之整體發展機制與配套措施、環境教育及生態旅遊之永續經營發展、兼顧漁業活動之合理性與永續性。
- 澎湖南海玄武岩自然保留區（東吉嶼、西吉嶼、頭巾、鐵砧）管制規定。
- 澎湖縣政府禁漁區範圍及管制規定。
- 澎湖觀光發展計畫。
一、澎湖南方四島國家公園範圍內之土地及海域資源除依國家公園法及其他相關法令之規定管制外，應依本保護利用管制原則規定管理之。
二、國家公園區域內，經國家公園管理處之許可，為資源保護、景觀維持、安全維護與教育研究需要，得設置下列設施：
（一）海域環境監測站或設施。
（二）水域設施及航行輔助設施。
（三）海岸防護設施。
（四）瞭望台、防火帶及消防救火等防護設施。
（五）維護健行安全之步道安全設施。
（六）環境及人文資源之研究與解說教育設施。
（七）環境衛生維護之廢棄物處理設施。
（八）無線電及行動電話之通訊設施。
（九）其他經營管理必要之公共服務設施、公用設備及為保護環境必要之保護或治理設施。
三、國家公園區域內，除為安全、保育研究、環境教育及國家公園經營管理之需要，經國家公園管理處之許可外，禁止下列行為：
（一）以任何方法捕撈生物、採取底泥、岩石、礦物等天然物。
（二）勘採礦物土石、爆破或其他改變地形和資源。
（三）採取、打撈人類水下考古遺物。
（四）排放壓艙水、污水、傾倒廢棄物、廢油或其他污染物。
（五）使用化學藥劑。
（六）投放人工魚礁。
（七）海域內設置人為設施。
（八）投放錨碇。
四、海域生態保護區內以保護海洋環境及維護生物多樣性目的為主，其使用應依下列規定：
（一）除經國家公園管理處之許可，得作學術調查研究、公共安全、環境教育、國家公園經營管理等相關活動外，本區禁止一般水域活動。
（二）本區域範圍內不得以任何方式採捕水產動植物，航行通過時應將漁具收妥且不得停留。
（三）緊急避難船舶不在此限。
五、陸域特別景觀區內之土地以保護特殊天然景緻及人文景觀為目的，本區維持原有土地利用型態，其建築物、設施及土地之使用，應依下列規定：
（一）除必要之安全、保育研究、環境教育及經營管理等公共設施外，不得興建任何設施、建築物或道路。
（二）經國家公園管理處許可，本區內既有設施、道路及其他公共設施，得依原土地利用強度，進行修繕與維護。私人合法建築物及原有合法建築物，依原有規模申請改建、修建。但有下列情形之一者，不予同意：
1. 座落之位置經權責機關認定為地層不穩定，具有潛在危險性者。
2. 其他經權責機關認定足以妨礙景觀或公共安全者。
（三）經國家公園管理處許可，本區既有之菜宅得依原有農業利用型態使用；菜宅防風牆（宅岸）得依原有規模形式修復，惟不得破壞原有菜宅地貌。
（四）經國家公園管理處許可，得於每年11月至翌年3月紫菜生長區採收紫菜，但不得破壞其自然地貌。
六、海域特別景觀區以保護珊瑚礁生態與海洋特殊天然景緻為目的，其使用應依下列規定：
（一）本區經國家公園管理處許可，得作學術研究調查、環境教育、國家公園經營管理等潛水或浮潛活動。
（二）本區經國家公園管理處許可，船舶得搭載乘客進入本區域觀賞海洋景觀、生物及生態，或載客進行潛水或浮潛活動。
（三）本區國家公園管理處得許可既有傳統之季節洄游性之漁業活動，惟經漁業主管機關公告禁止管制之漁業活動除外。
七、海域遊憩區以提供國民戶外遊憩為目的，並准許興建適當育樂設施及有限度資源利用行為，其使用應依下列規定：
（一）得於本區從事水域遊憩活動管理辦法所稱水域遊憩活動。國家公園管理處並得依水域環境及資源條件，擬訂適合之水域活動種類、範圍及時間，經管理處公告後實施。
（二）經國家公園管理處許可，船舶得搭載乘客進入本區域觀賞海洋景觀、生物及生態。
（三）經國家公園管理處許可，得興建水域育樂活動相關設施，但須配合區內自然生態景觀與環境調和。
（四）除經國家公園管理處之許可外，禁止捕捉、垂釣、採撈及破壞海域動植物資源。
八、陸域一般管制區係指國家公園區域內不屬於其他分區之陸域，且在不違背計畫目標與方針下，准許原土地利用型態。其資源、建築物與土地利用應依下列規定：
（一）本區域內之既有聚落區域，得依土地分區管制規定進行新建、增建、改建、修建住宅、公共設施，以提供居民與遊客優質生活、休憩體驗基本需求使用之用地。
（二）本區內得視環境現況與發展需要，另劃分各類使用地，其劃分內容與管制原則於本計畫公布實施後由國家公園管理處擬定之。在未擬定相關管制前，各種建築物及設施使用強度仍依本國家公園成立前，其原有土地使用分區及用地編定之相關管制規定辦理。屬於「澎湖南海玄武岩自然保留區」範圍，依其公告管制規定辦理。
（三）本區域內之甲、乙、丙種建築用地、農牧用地、特定目的事業用地、墳墓用地之各種使用強度於國家公園管理處未擬定相關管制規定前，依其原有使用分區及用地編定之相關土地使用管制規定辦理。原有合法建築得依原土地使用管制規定進行修建、改建及增建。
九、海域一般管制區係指國家公園區域內不屬於其他分區之海域，在不違背計畫目標與方針下，准許原有利用型態，並依下列規定：
（一）除有關主管機關許可捕撈之經濟魚類外，禁止捕撈珍稀之海洋生物。
（二）除經國家公園管理處許可外，禁止投放人工魚礁及興建人為設施。
（三）禁止炸魚、電魚及毒魚等有害海洋生物之行為。
（四）禁止任何污染水質之行為。
十、國家公園區域內之人為設施與建築物，應與自然環境景觀調和，適度融合國家公園區域內之傳統歷史建築風格，材料及色彩以自然素材為主。
（一）建築物之新建應符合內政部頒訂「國家公園建築物設計規範」設計建築，並得依內政部頒訂之「國家公園管理處補助園區內建築物美化措施實施要點」規定申請國家公園管理處之補助。
（二）經國家公園管理處審議為值得保存之傳統建築或歷史建物，且建築物所有權人願意配合保存、維護者，建築物所有權人申請修繕、維護，國家公園管理處得視各年度經費狀況酌予獎勵補助。
（三）前述獎勵補助辦法，得由國家公園管理處報經國家公園主管機關核定後實施。
